Son intérêt pour le dialogue judéo-chrétien est d’abord né de sa confrontation, en tant qu’historien, avec les théories négationnistes aberrantes de Faurisson et de ses semblables, qui niaient la Shoah. Ce qui l’a amené à affronter le « mystère d’iniquité », en même temps qu’à réfléchir sur les racines juives du christianisme, recherches consignées dans son livre principal, L’Eglise catholique et le peuple juif. Un autre regard, éd. Calmann-Lévy, 2003.

Prêtre de l’Oratoire, il a été secrétaire du Comité épiscopal pour les relations avec le Judaïsme, de 1987 à 1999.

Il a participé, aux côtés des Cardinaux Decourtray et Lustiger, et avec Maître Théo Klein et le Grand Rabbin René Samuel Sirat, aux négociations de Genève pour résoudre la question du Carmel d’Auschwitz implanté là où les nazis entreposaient les boîtes de Zyklon B ; négociations qui ont abouti au déplacement du Carmel, aujourd’hui situé en dehors du camp d’Auschwitz-Birkenau.

Citons aussi sa participation au collectif d’historiens institué par le Cardinal Decourtray et chargé d’étudier l’attitude de l’Eglise catholique dans l’Affaire Touvier. C’est sous la direction de René Rémond que le rapport de cette commission, Paul Touvier et l’Eglise, a été publié chez Fayard en 1992.

Citons aussi son intervention en 1992 pour arrêter le processus de béatification d’Isabelle la Catholique, actrice de l’Inquisition et de l’expulsion des Juifs d’Espagne.

Il fut le principal rédacteur de la déclaration de repentance des évêques de France prononcée à Drancy le 30 septembre 1997.

Cette même année 1997, sur un autre registre, avec Mgr Gaston Poulain, Président du Comité épiscopal pour les relations avec le Judaïsme, le Père Dujardin publia aux éditions du Cerf, en tant que secrétaire de ce Comité, un document important : Lire l’Ancien Testament. Contribution à une lecture catholique de l’Ancien Testament pour permettre le dialogue entre Juifs et Chrétiens.

Il faut encore souligner, dans le prolongement de sa réflexion d’ordre historique, éthique et théologique sur la Shoah, qu’il fut à l’origine de la création d’une association, « Le Train de la Mémoire » qui, depuis 1995, tous les deux ans, organise un voyage à Auschwitz pour les lycéens (500 jeunes en moyenne), dans un souci de prise de conscience historique et éthique et de méditation spirituelle.

Pour toute son œuvre et son action en faveur d’un rapprochement entre Juifs et Chrétiens, il reçut le Prix de l’Amitié Judéo-Chrétienne de France en 1996.

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